有效地使用自然通风的感染控制设计，需要考虑多种因素。感染控制的需要、高通风率是主要的建筑设计目标。需要考虑高通风率对室内整体环境条件的影响，其包括热舒适性、室内空气质量、消防安全等。设计时其他不利因素也必须考虑评估，如噪音、空气污染、室内环境的影响等。在寒冷季节，感染控制的高换气率追求要让步于建筑物内的保暖需求。在短暂的湿热季节，病房内温气凝结可以导致床上用品、地板、天花板结露、发霉和霉菌生长，导致不卫生环境条件。开大建筑物的通风口可能导致昆虫、动物等侵入，也会造成安全隐患和虫媒传播疾病的控制问题。

1、维持温度舒适

    在温暖气候和空气质量良好的环境条件下，高通风量可以完全保证。但是情况往往并非如此。寒冷气候下为保持热舒适度，在室外空气的室内流通就要最小化。当外部气候温度长期在30摄氏度以上时，一个自然通风的病房，会变得无法忍受。因此构建自然通风系统，相对于机械通风，需要把更多的精力用在建筑学以维持室内热舒适性上。这包括窗口的选择，适当的外部遮阳，材料结构保温及外部材料太阳能和热辐射吸收的性能。设计工程师也应该明白，最终的设计是大炎热的夏季和寒冷的冬季条件下，温度舒适与通风要求的兼顾。热性能模拟试验用来帮助定量评估和比较不同的设计方案的有效性，以便定夺。工艺选择和模拟技术更详细的解释。

2、保持良好的室内空气质量

     随着空气交换率的增加，室内空气质量更接近周围的空气质量。室内空气就会很少受室内污染源的影响。如对来自建筑材料释放的毒性气体也是如此。

3、环境空气污染管理

    随着使用未处理的室外空气进行空气交换，室内空气质量会受到周围的污染空气影响。在问题严重的地区，传染病医院的选址要慎重考虑。混合式通风设计可能是唯一的选择。仅仅依靠普通的开窗，会将患者暴露在高环境污染区域。

4、外部噪声

    正如英国皇家注册设备工程师协会2005年的观点，外环境噪声的存在，是使用自然通风的主要障碍之一。但是他们在指南中也推荐了两个解决方案，一是通风入口的位置选择，要远离主要噪声产生地。另一个是在通风口使用隔音板。但第二方案会影响空气交换率。因此最好的选择是采用混合式通风，机械通风扇能够有效地增加排风口损失的压力。

5、选择低排放内饰材料

    多年来对室内建筑材料的空气污染物排放量已经有了全面的了解。设计师和承包商应该掌握室内建筑材料的标准和法规。特别是要避免使用有可能释放呼吸道刺激物的内饰材料。

6、湿度和霉菌的生长

    很多原因会在天花扳、墙壁、地板和床上用品上发生冷凝。例如，在笨重的建筑物结构使用自然通风，随着温湿天气的突然变化，当表面温度低于潮湿空气的露点温度时，温湿的空气就会凝结。尽管在凝结期间空气条件令人不适，但霉菌也还可以生长，这将对健康造成危害。当在湿热气候带设计自然通风系统时，要使用轻质保温材料做墙壁。当湿热空气突然接触墙壁时，轻质结构或保温材料墙体的表面温度对空气温度的变化迅速作出反应，限制了表面温度和内部相对湿度的上升（例如在暂短的春季）。对于现存建筑物计划采用自然通风系统，由于使用了大量混凝土或砖石墙结构，多次翻修，需要考虑通风系统今后的运行与维护管理。首先要考虑的是内表面处理。这可以是长期，也可以是短期的。

7、安全防范与虫媒传播疾病预防

    自然通风的大开口而无任何保护，增加了安全隐患和虫媒传播疾病的风险。为此而设计的铁栅窗和半透蚊网，可在这些情况下使用。

8、高层环境因素

    对于高层建筑，为了尽量减少排出的废气重新进入到邻近的楼层，呼吸传染病房安置在顶层是较好的选择。这种返流的情况，是由于外部温暖的气流产生的浮力向上流动，可能将排出的病房的废气又带入病房。

9、消防安全因素

    房间设计开口，会造成消防安全和烟控需要的冲突。与安全建设有冲突的房间或开口连接安全和烟雾控制要求。自然通风的建筑也有烟控的要求。通风口被关闭时，也可能发生火灾。由于自然通风设计也会对烟气流动模式产生影响，所以火警逃生路线也需要加以考虑。

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